基本的に本文はすべてsec[*].texに書くという方針で問題ありません
main.texファイルとsec1.texが同じディレクトリにある場合は以下のようになります
...
\usepackage{subfiles}
\begin{document}
\maketitle
\subfile{sec1}
\subfile{sec2}
...
\end{document}\documentclass[main.tex]{subfiles}
\begin{document}
\section{セクション}
本文をば
\end{document}なお、sec1.texを単体でタイプセットする際に独自の処理をしたい場合は、\ifSubfilesClassLoaded{}{}が使えます
\ifSubfilesClassLoaded{
\bibliographystyle{junsrt}
\bibliography{main}
}{}