基本的に本文はすべてsec[*].texに書くという方針で問題ありません

main.texファイルとsec1.texが同じディレクトリにある場合は以下のようになります

main.tex
...
\usepackage{subfiles}
 
\begin{document}
 
\maketitle
 
\subfile{sec1}
\subfile{sec2}
...
 
\end{document}
sec1.tex
\documentclass[main.tex]{subfiles}
 
\begin{document}
 
\section{セクション}
 
本文をば
 
\end{document}

なお、sec1.texを単体でタイプセットする際に独自の処理をしたい場合は、\ifSubfilesClassLoaded{}{}が使えます

sec1.tex
\ifSubfilesClassLoaded{
  \bibliographystyle{junsrt}
  \bibliography{main}
}{}