Subfilesとは.texファイルを章ごとで分割して記述するためのパッケージです
論文の場合は、章ごとにsec*.texを作成して本文を書き、それを統合するmain.texの記述は最小限にするという運用が一番スマートだと思います。なおパッケージ読み込みなどのプリアンブルでの記述はすべてmain.texで行う必要があります
main.texとsec1.texが同じディレクトリにある場合は以下のような記述になります
...
\usepackage{subfiles}
\begin{document}
\maketitle
\subfile{sec1}
\subfile{sec2}
...
\end{document}\documentclass[main.tex]{subfiles}
\begin{document}
\section{セクション}
本文をば
\end{document}ちなみに、Subfilesではsec*.tex単体もタイプセットすることができます。学位論文のようなmain.tex全体を毎回タイプセットするのが憚られる場合におすすめです。そうしたい場合は.vscode/settings.jsonで"latex-workshop.latex.rootFile.useSubFile": true,とします